2019年7月23日火曜日

working example of OpenACC enabled Oct file with cuFFT

Zenodoにアップロードしました。

https://zenodo.org/record/3345905#.XTa_7PIzZaQ
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2019年7月17日水曜日

YI 360 VR

YI360 VRが送料など込で180USDなので、買ってしまった。
今持ってるinsta360 airに比べて、総画素数で4倍ぐらいになるので、だいぶ綺麗にとれるはず。

https://www.amazon.com/dp/B01CW4C2HU/ref=cm_sw_em_r_mt_dp_U_XC0lDbRF2YZCS
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2019年6月6日木曜日

Octave + cuFFT + OpenACC. Works with GCC-8


I succeeded to run cuFFT + OpenACC + Octave with GCC-8.
Waiting for a response from PGI.

$ sudo apt-get install gcc-8-offload-nvptx
$ sudo apt-get install g++-8

$ cat Makefile 
CC= g++-8 -fopenacc
LD=g++-8 -fopenacc -L/usr/local/cuda-9.2/lib64 -lcufft
C_OPT=-fPIC
C_INC=-I/usr/local/cuda-9.2/include
OCT_INC=-I/usr/include/octave-4.2.2/octave/.. -I/usr/include/octave-4.2.2/octave
OCT_LIBS=-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/octave/4.2.2 -loctinterp -loctave 

 .SUFFIXES:
.SUFFIXES: .o .cc 

 .cc.o:; $(CC) $(C_INC) $(OCT_INC) -c $(C_OPT) $<
.f90.o:; $(F90) -c $(F_OPT) $<

 OBJS = \
       testFFTGPU.o

 TARGET = testFFTGPU.oct

 all: $(TARGET)

 $(TARGET): $(OBJS)
$(LD) $(OCT_INC) -shared -Wl,-Bsymbolic  -o $(TARGET)  $(OBJS)  $(OCT_LIBS) -Wl,-Bsymbolic-functions

 run:
./run.sh

 clean:
rm -f *.o *.d *.mod $(TARGET) *~
rm -f work.pc work.pcl *.optrpt log.txt
rm -f *.gpu *.ptx *.oct

$ cat run.sh 
LD_PRELOAD=/opt/pgi/linux86-64-nollvm/2019/cuda/9.2/lib64/libcudart.so.9.2:/opt/pgi/linux86-64-llvm/2019/cuda/9.2/lib64/libcufft.so.9.2 octave callOct.m 

$ cat callOct.m 

mat = rand(10,10);
mat1 = mat;
mat2 = mat;
fftGPU = testFFTGPU(mat2);

ifft_mat1 = ifft2(mat1);
fftGPU - ifft_mat1

$ cat testFFTGPU.cc 
#include<math.h>
#include <octave/oct.h>
#include <octave/parse.h>
#include <complex>
#include <chrono>
#include <fftw3.h>
#include "openacc.h"
#include "cufft.h"

void inv_CUFFT(Complex *in_data, Complex *out_data, int nc, int nr, void *stream)
{
    cufftHandle plan;
    cufftResult ResPlan = cufftPlan2d(&plan, nc,nr, CUFFT_Z2Z);
    cufftSetStream(plan, (cudaStream_t)stream);
    cufftResult ResExec = cufftExecZ2Z(plan, 
                                      (cufftDoubleComplex*)in_data, 
                                      (cufftDoubleComplex*)out_data,
                                      CUFFT_INVERSE);
    cufftDestroy(plan);
}


DEFUN_DLD(testFFTGPU, args, ,
            "main body;")
{
   fprintf(stderr,"device type: %d\n", acc_get_device_type());
   fprintf(stderr,"Num devices: %d\n", acc_get_num_devices(acc_device_nvidia));

   ComplexMatrix Matrix(args(0).complex_matrix_value());
   octave_value_list retval;

   ComplexMatrix out(Matrix.dims());

   double *pmat = reinterpret_cast<double *> (const_cast<Complex *>(Matrix.fortran_vec()));
   double *pout = reinterpret_cast<double *> (const_cast<Complex *>(out.fortran_vec()));
//   Complex *pmat = (Matrix.fortran_vec());
//   Complex *pout = (out.fortran_vec());



   static dim_vector dv = Matrix.dims();

   int Nc = dv(0);
   int Nr = dv(1);

#pragma acc data copy(pmat[0:Nc*Nr*2],pout[0:Nc*Nr*2])
{
   void *stream = acc_get_cuda_stream(acc_async_sync);
#pragma acc host_data use_device(pmat,pout)
{
   inv_CUFFT((Complex*)pmat,(Complex*)pout,Nc,Nr,stream);
}
#pragma acc parallel
   for(int i=0;i<Nr*Nc*2;i++){
      pout[i] = pout[i]/double(Nr*Nc);
   }
}

   retval(0) = out;
   return retval;
}


$ sh run.sh 
octave: X11 DISPLAY environment variable not set
octave: disabling GUI features
device type: 5
Num devices: 4
ans =

  Columns 1 and 2:

    0.0000e+00 + 0.0000e+00i   3.4694e-18 + 2.6021e-18i
   6.9389e-18 - 8.6736e-18i   0.0000e+00 - 6.9389e-18i
  -1.9082e-17 - 1.5613e-17i  -1.7347e-18 - 3.4694e-18i
   3.4694e-18 + 1.0408e-17i  -5.4210e-18 + 3.4694e-18i
  -2.7756e-17 - 1.0408e-17i   0.0000e+00 + 0.0000e+00i
   4.5103e-17 + 0.0000e+00i   6.0715e-18 + 0.0000e+00i
  -2.7756e-17 + 1.0408e-17i   0.0000e+00 + 0.0000e+00i
   3.4694e-18 - 1.0408e-17i  -2.3852e-18 - 4.3368e-18i
  -1.9082e-17 + 1.5613e-17i  -2.6021e-18 - 3.4694e-18i
   6.9389e-18 + 8.6736e-18i   3.4694e-18 + 5.2042e-18i

  Columns 3 and 4:

   -1.5613e-17 + 0.0000e+00i  -5.2042e-18 + 6.9389e-18i
   1.0408e-17 - 3.4694e-18i   6.9389e-18 + 3.4694e-18i
   0.0000e+00 - 6.7221e-18i   0.0000e+00 - 6.9389e-18i
  -6.9389e-18 + 7.8063e-18i  -6.9389e-18 + 0.0000e+00i
  -3.4694e-18 + 6.9389e-18i  -1.1276e-17 + 4.4452e-18i
  -3.4694e-18 + 3.4694e-18i  -3.4694e-18 + 0.0000e+00i
  -3.9031e-18 + 0.0000e+00i  -3.4694e-18 + 0.0000e+00i
   6.9389e-18 + 0.0000e+00i  -1.0408e-17 - 3.3314e-18i
   0.0000e+00 - 3.4694e-18i   1.7347e-18 + 1.7347e-18i
  -6.9389e-18 + 1.0408e-17i   0.0000e+00 - 3.4694e-18i

  Columns 5 and 6:

   -1.0408e-17 - 9.3241e-18i  -3.9899e-17 + 0.0000e+00i
   0.0000e+00 - 3.4694e-18i  -5.6379e-18 + 3.8489e-18i
   6.9389e-18 + 6.9389e-18i   6.9389e-18 + 1.1926e-18i
   8.6736e-18 - 3.4694e-18i   0.0000e+00 + 8.6736e-18i
   1.0408e-17 - 1.0408e-17i   6.9389e-18 + 1.7347e-17i
  -1.0408e-17 + 1.0408e-17i  -5.2042e-18 + 0.0000e+00i
   0.0000e+00 + 0.0000e+00i   6.9389e-18 - 1.7347e-17i
   0.0000e+00 + 8.6736e-18i   0.0000e+00 - 8.6736e-18i
   3.4694e-18 + 3.4694e-18i   6.9389e-18 - 1.1926e-18i
   0.0000e+00 + 3.4694e-18i  -5.6379e-18 - 3.8489e-18i

  Columns 7 and 8:

   -1.0408e-17 + 9.3241e-18i  -5.2042e-18 - 6.9389e-18i
   0.0000e+00 - 3.4694e-18i   0.0000e+00 + 3.4694e-18i
   3.4694e-18 - 3.4694e-18i   1.7347e-18 - 1.7347e-18i
   0.0000e+00 - 8.6736e-18i  -1.0408e-17 + 3.3314e-18i
   0.0000e+00 + 0.0000e+00i  -3.4694e-18 + 0.0000e+00i
  -1.0408e-17 - 1.0408e-17i  -3.4694e-18 + 0.0000e+00i
   1.0408e-17 + 1.0408e-17i  -1.1276e-17 - 4.4452e-18i
   8.6736e-18 + 3.4694e-18i  -6.9389e-18 + 0.0000e+00i
   6.9389e-18 - 6.9389e-18i   0.0000e+00 + 6.9389e-18i
   0.0000e+00 + 3.4694e-18i   6.9389e-18 - 3.4694e-18i

  Columns 9 and 10:

   -1.5613e-17 + 0.0000e+00i   3.4694e-18 - 2.6021e-18i
  -6.9389e-18 - 1.0408e-17i   3.4694e-18 - 5.2042e-18i
   0.0000e+00 + 3.4694e-18i  -2.6021e-18 + 3.4694e-18i
   6.9389e-18 + 0.0000e+00i  -2.3852e-18 + 4.3368e-18i
  -3.9031e-18 + 0.0000e+00i   0.0000e+00 + 0.0000e+00i
  -3.4694e-18 - 3.4694e-18i   6.0715e-18 + 0.0000e+00i
  -3.4694e-18 - 6.9389e-18i   0.0000e+00 + 0.0000e+00i
  -6.9389e-18 - 7.8063e-18i  -5.4210e-18 - 3.4694e-18i
   0.0000e+00 + 6.7221e-18i  -1.7347e-18 + 3.4694e-18i
   1.0408e-17 + 3.4694e-18i   0.0000e+00 + 6.9389e-18i
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2019年5月25日土曜日

octave + cufft + pgi (openacc). !!!!!!!! This does not work !!!!!!!!!!


I tried to mimic the following page to call cuFFT from "octfile"(octave).
However, PGI compiler (19.4) dies.

https://devtalk.nvidia.com/default/topic/523203/openacc-toolkit/fft-using-openacc/

If you want to try, save the following files and type

$ sh compile.sh
$ octave callOct.m


============ compile.sh ==============
#!/bin/bash
env CXX="pgc++" \
CXXFLAGS="-fast -acc -ta=tesla,cuda9.2,managed -Minfo=accel -Mcudalib=cufft" \
XTRA_CXXFLAGS=" " \
CPPFLAGS=" " \
DL_LD="pgc++" \
mkoctfile --verbose testFFTGPU.cc
============ compile.sh ==============
x
=== testFFTGPU.cc ===
#include<math.h>
#include <octave/oct.h>
#include <octave/parse.h>
#include <complex>
#include <chrono>
#include <fftw3.h>
#include "openacc.h"
#include "cufft.h"

void inv_CUFFT(Complex *in_data, Complex *out_data, int nc, int nr, void *stream)
{
    cufftHandle plan;
    cufftResult ResPlan = cufftPlan2d(&plan, nc,nr, CUFFT_Z2Z);
    cufftSetStream(plan, (cudaStream_t)stream);
    cufftResult ResExec = cufftExecZ2Z(plan,
                                      (cufftDoubleComplex*)in_data,
                                      (cufftDoubleComplex*)out_data,
                                      CUFFT_INVERSE);
    cufftDestroy(plan);
}


DEFUN_DLD(testFFTGPU, args, ,
            "main body;")
{
   ComplexMatrix Matrix(args(0).complex_matrix_value());
   octave_value_list retval;

   ComplexMatrix out(Matrix.dims());

   Complex *pmat = reinterpret_cast<Complex *> (const_cast<Complex *>(Matrix.fortran_vec()));
   Complex *pout = reinterpret_cast<Complex *> (const_cast<Complex *>(out.fortran_vec()));

   static dim_vector dv = Matrix.dims();

   int Nc = dv(0);
   int Nr = dv(1);

#pragma acc data copy(pmat[0:Nc*Nr],pout[0:Nc*Nr])
{
   void *stream = acc_get_cuda_stream(acc_async_sync);
#pragma acc host_data use_device(pmat,pout)
{
   inv_CUFFT(pmat,pout,Nc,Nr,stream);
}
}

   retval(0) = out;
   return retval;
}
=== end testFFTGPU.cc ==

=== callOct.m ===
mat = rand(100,100);
mat1 = mat;
mat2 = mat;
fftGPU = testFFTGPU(mat2);

ifft_mat1 = ifft2(mat1);
fftGPU - ifft_mat1
=== end callOct.m ===
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2019年5月19日日曜日

納豆作り

そういえば、納豆を作る、というか増やしてみました。
レシピは検索すればいくらでもでてくるので割愛。

訴求点は、オーブンを50度の設定にできるという発見。
電気代が気になりますが、乾燥大豆で400gは一気に作れそうなので、
いっぱい食べるならもとは取れる気がする。





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2019年4月23日火曜日

Hallstadt and Obertraun (3/3)

最終日は、Obertraun Dachsteinのケーブルカーでファイブフィンガーズという絶景スポットを訪ねました。

4月では山の頂上は雪に覆われていて、ケーブルカーの乗り場でカンジキを借りるようにおすすめされます（実際あったほうが安全です）。

9：57にホテルのバス停を出発するバスにのり(2.20ユーロ)、チケットの購入(panorama tickeet. 32ユーロぐらい)を終えて、10：30発のケーブルカーに乗車。10分で頂上付近まで到着します。

ここからは徒歩 on カンジキで30分ぐらい。アップダウンが激しく結構大変ですが、景色の素晴らしさは文句なしなので健康上の不安がなければ行く価値ありです。

帰りは13：45ぐらいにでるバスにのり、Obertraunのホテルまで。預けてあった荷物をピックアップして、14：28発のOEBBで帰りました（Attnang-Puchheimで16：00発、Wien Hbf 18:05着のRJに乗り換え）。

この日がイースターだったようなのですが、Obertraunの風習で車輪がついたものを”ヘンなところ”に置く習わしだそうで、自転車が看板に引っ掛けてあったり猫車が屋根の上に載ったりしていました。あとから気づいたのですが、宿からファイブフィンガーズが見えていて、デジカメの望遠でたまたま撮影していました（観測所だとか適当なことを言っていた）。

夕飯はお腹が疲れていたので、近所の中華寿司屋さんで持ち帰り。マグロサーモンセットとカリフォルニアロール。








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Hallstadt and Obertraun (2/3)

腰の調子もだいぶ良くなってきたので、この日はHallstadtに向けて自転車で。
宿泊所でも借りられますが、まちなかのもののほうがやすかったので、こちらで借りました。

街の散策と、岩塩坑によったら丸一日潰れます。
時間があるようだったら、ハルシュタットへはバスで行って、別の日に自転車で散策するほうがいいかも。

岩塩坑はケーブルカーと入場料込みで30ユーロちょっと。結構なお値段ですが、行って損は無いように思います。
（マッププロジェクションを利用した展示とか、滑り台とか楽しませる要素が盛りだくさんで、一時間ぐらいはかかります）

朝食はホテルのビュッフェ、昼食はパンで質素に、夕食は同じイタリアンレストランでピザを持ち帰り









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